Świeża woda, bez względu na pochodzenie (zbiorniki naturalne lub wodociągi), zawiera jednokomórkowe glony i pierwotniaki, jak również składniki mineralne w ilościach dostatecznych do rozmnażania się tych organizmów. Toteż często rozmnażają się one masowo i powodują zmętnienie wody, co jest nierzadkim zja­wiskiem w nowo urządzonym zbiorniku. Po 5—10 dniach zmętnienie to zanika i więcej się nie ponawia. Początkujący akwaryści popełniają często błąd zmie­niając zmętniała wodę. Wprowadzają oni do akwarium nowe glony i pierwot­niaki oraz nowe ilości składników pokarmowych i przedłużają okres zmętnienia wody o 5—10 dni.

Jeśli zmętnienie utrzymuje się dłużej niż 14 dni, należy wodę przefiltrować, co wprawdzie usunie zmętnienie, nie zlikwiduje jednak jego przyczyny. Jeśli ma­sowe rozmnażanie się glonów i pierwotniaków spowodowane jest zbyt bogatym (zawierającym nadmierną ilość związków organicznych) podłożem, woda ponownie mętnieje natychmiast po wyłączeniu filtru i w takim stanie utrzymuje się tak długo, aż nadmierna ilość składników pokarmowych nie zostanie zużyta, co może trwać szereg miesięcy. Jest to jeszcze jeden czynnik, z powodu którego trzeba pokrywać dno akwarium czystym piaskiem.

W akwarium dawno urządzonym występowanie zmętnienia wody zależy zwykle od pory roku. W lecie widoczne jest najczęściej zmętnienie zielone powo­dowane przez jednokomórkowe zielone glony — zielenice. Powstaje ono przy nadmiarze światła, a niekiedy nawet przy normalnym oświetleniu. Na ogół zmętnienie to jest nieszkodliwe, ale nieprzyjemne dla oka akwarysty, zbiornik bowiem traci na dekoracyjności. Zmętnienie zielone świadczy zatem o zbyt intensywnym oświetleniu, ale również o nadmiarze składników mineralnych w wodzie. Gdy zielenice zużyją je, wówczas obumierają masowo i wzbogacają wodę w substancje organiczne, dzięki którym rozmnażają się znów pierwotniaki. Zmętnienie zielone przechodzi zatem później w szare lub brązowe, świadczące o niebezpieczeństwie zagrażającym życiu w akwarium. Pierwotniaki zużywają bowiem tak duże ilości tlenu, że ryby mogą się nawet udusić.

W tych wypadkach należy usunąć znaczną część wody z akwarium, po czym dolać wody pobranej z innego, czystego akwarium lub wody deszczowej. Woda z naturalnych zbiorników powierzchniowych, jak też wodociągowa zwykle nie zahamowuje rozwoju pierwotniaków. Bardzo korzystne jest dokładne jej prze-filtrowanie. I w tym wypadku najlepszy jest filtr biologiczny. Musi on być tak wydajny, aby można było nim oczyścić wodę w ciągu 2—3 dni, gdyż dłużej trwające zmętnienie wody spowodowane przez pierwotniaki może zagrażać życiu ryb i roślin.